Completate con successo il gioco per sbloccare l'opzione password nel menu Extras. Dopo, inserite una delle seguenti passwords per sbloccare il corrispondente bonus quando caricate una partita salvata o ne iniziate una nuova:

1911 Pistol: digitate "1aytmmymhk" come password. 
Desert Eagle a canna lunga: digitate "deskyhstyl" come password. 
Mk. 23: digitate "mekakorkkk" come password. 
Mosin Nagant: digitate "mnsoymsyhn" come password.
Patriot: digitate "pkhhnwhsjt" come password.
Scanning Plug S: digitate "skynytktjp" come password.
Thor .45-70: digitate "tshsniammr" come password.
Type 17 Pistol: digitate "jmsotsynrn" come password.
Vestito di Altair: digitate "aottrykmyn" come password.
Drebin Facecamo : digitate "dntkkhktmm" come password.
Canzone iPod "Desperate Chase" iPod song: digitate "THOMAS" come password.
Canzone iPod "Gekko" iPod song: digitate "GEORGE" come password.
Canzone iPod "Midnight Shadow" iPod song: digitate "THEODORE" come password.
Canzone iPod "Mobs Alive" iPod song: digitate "ABRAHAM" come password.
Canzone iPod "Subsistence Action": digitate "smgo2play" come password.

Nel quarto capitolo, quando vi trovate nell'ufficio di Otacon, lui vi chiede un codice. Inserite uno dei seguenti per ottenere il bonus corrispondente:

100.000 DP: Inserite "14893".
Canzone iPod "Opening - Old L.A. 2040": inserite "78925". Questa canzone aumenta l'accuratezza di Snake.
Canzone iPod "Policenauts Ending": inserite "13462".Questa canzone fa addormentare i soldati toccati da Snake.